上集中异形并没有被消灭掉，她又回来了，变得更加的强大，这次的主角轮到别克的女儿朱丽娅了，她和另一个伙伴要继续面对新的挑战了
杀人越货的罪犯连续神秘死亡，人们将替天行道惩治恶人的基拉奉为救世主，警方对之束手无策。专门解决奇诡事件的天才少年L推断，基拉有97%的可能性身在日本，于是他离开洛杉矶飞赴日本。临行之前，L心中浮起淡淡的预感——自己可能再也回不来了。
L与基拉——夜神月的展开了正面交锋。这时，泰国的一个小村庄被人从大地上抹去了痕迹。L并不知道有一桩足以毁灭世界的重大阴谋正在酝酿之中。
L以自己的生命为代价设下陷阱准备一举击溃夜神月，不料，多年的搭档渡意外身亡。L决定在自己最后的23天中解决渡所留下的任务。直升机送来了一箱给渡的礼物，里面竟是一个男孩——他是遭灭顶之灾的泰国小村的唯一幸存者。L从男孩随身携带的磁碟资料中得知，该事件与恐怖的杀人病毒有关。此时，少女真希带着父亲的遗物来找渡，她也是这场阴谋的受害者。追踪而来的杀手已然赶到，L带着两个孩子开始了逃亡。只剩6天了，L决定与阴谋者决一死战。
风和日丽的假期，前往“幸福岛”的观光游轮遭遇了海难，只有宁宇、张欣晨及几名幸存者被冲上了一座没有坐标，没有信号的孤岛。很快，他们意识到这座平静的小岛并非避难所，处处弥散着诡异的气息。宁宇、阿强等人去寻找水源，在巨大的石洞中，他们发现了两具干枯的尸体和一个老旧的红色笔记本。当晚，阿强面色惨白，中邪般喃喃自语。而那个红色笔记本记载了这些幸存者们即将面对的前所未见的恐怖。
