故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人 配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？
　　此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。

　　為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。

　　君原姬乃（深川芹亚 配音）是一个个性十分温柔和蔼的平凡高中女孩，然而，和其他女高中生不一样的是，姬乃是拥有一半人类身体和一半马的身体的半人马族。虽然过着和普通人类一样的生活，但实际上，姬乃对自己独特而又庞大的体型十分的在意和苦恼。
　　大大咧咧开朗活泼的龙人狱乐希（桑原由气 配音）、成熟稳重总在关键时刻扮演军师角色的角人名乐羌子（白石晴香 配音）、天生就拥有着领导的气魄的翼人御魂真奈美（镰仓有那 配音）、理性沉稳的南极蛇人萨斯萨斯索（绫濑悠 配音），这些半兽人们都是姬乃的同班同学，每天，她们都聚在一起，过着充满了快乐的校园生活。

　　兽拳，乃是感受野兽之心，发挥出野兽力量的拳法，诞生于古代中国，拥有四千年的历史。兽拳可区分成两个派门，一个是正义的激兽拳，一个是邪恶的临兽拳。为了阻止临兽拳重现人间后支配世界，激兽拳在运动用品会社SCRTC支持下，组成激气连者和临兽拳对抗。

　　「東京大学物語」などで有名やマンガ家、江川達也原作のセクシーギャクマンガがＯＶ化。作画は「カウボーイビバップ」なども手がけた川元利浩が担当する。東大法学部の全過程を取得して自主退学した大江錦太郎。全国を自転車で旅しながらフリーターとして生活していた。ソフトウェア会社のアルバイト先にいく途中に事故を起こした錦太郎は、車から降りてきた美女から１００万円を手渡された。実はその美女こそがバイト先の美人社長であったことを知り…。

　　主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。
　　拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。

　　大正十五年，大神一郎正收拾行李到巴黎赴任，偶尔在一小箱中， 看到一粒子弹…… 时间追回太正十二年。在六月公演的庆功宴，开始了技艺大会，樱做出华丽的剑法。玛利亚也罕有的说出來表演，做出称为乾杯的技艺，但失败了，其後玛利亚责备自己。同时刻，和玛利亚过去曾经有恩怨的巴灵千朗夫 ，來到东京港並向玛利亚复仇……

　　第一幕「华都花之军」
　　太正８年的春天，为了应付即将爆发的降魔之战，帝国陆军的米田一基提案组织帝国华击团，而藤枝菖蒲则奉命前往世界各地寻找能够成为队员的超能力者。此时，真宫寺完全不知自己的命运即将改变，仍在故乡仙台持续练习着剑术…。
　　第二幕「在樱花中展放吧，神剑」
　　为了保卫帝都不受降魔的侵袭，红兰、玛莉亚、环奈、爱莉丝等四人在总司令_米田的号召下，加入了帝国华击团。然而，等待着他们来挑战的并非军事训练，而是为了能登上「大帝国剧场」的花舞台，所进行的舞蹈及发声练习；原来这是米田为了隐藏帝国华击团的存在而想出的奇特点子。接着，帝国华击团为了补强战力，找来了神崎重工会长的孙女—菫加入阵容，但因为菫的态度非常高傲，使得环奈对她十分不满，好不容易就要建立起来的团队默契，眼看着又陷入了撕裂的危机…。另一方面，真宫寺樱决定前往东京，她在出发前得到了一本记载着真宫寺家祖传的北辰一刀奥义流的书卷，樱是否能领悟出这本奥义中所记载的剑术呢？
　　第三幕「春天三月，首次登场」
　　帝国华击团在经过一番波折后，终于正式开始运作，而花组的成员为了消灭徘徊于帝都的降魔，也展开了一连串的作战。此时，大帝国剧场的舞台揭幕了，用来掩护华击团的另一个身分——「帝国歌剧团」，其公演也陆续开始。樱虽然顺利加入了帝国华击团，但却在驾驶光武的演习中发生失控，导致她只能在舞台边落寞地欣羡玛莉亚等人的演技，此刻花组的其它成员也无法接受樱的加入，队内气氛顿时变得很僵。身兼队长的玛莉亚由于无法负荷每天的密集行程，于是向菖蒲提出了卸下队长职务的要求。某日，玛莉亚在目睹樱独自练习唱歌的情景后，觉得樱拥有很大的潜能，于是决定让她在下次的公演登场，可是菫却对玛莉亚的这项决定感到非常不满，因而大发雷霆…。
　　第四幕「仲夏梦之夜」
　　历经数场的战役之后，花组队长大神一郎渐渐地得到其它队员的信赖。不过，大神为了应付这几个非常有个性的队员，每天都费尽了心思，身心的疲惫也因此达到了最高点。某天，当大神在执行夜间巡逻任务时，凑巧看见独自一人在练习剑术的樱，大神对樱说：「我很羡慕你们能够为人们带来梦想」；其实樱最近早就觉得大神很没精神，在听到这番话之后，为了激励大神，于是反过头来要求他企划一场由花组全体登台表演的歌剧。这场由大神负责指挥的歌剧是否能顺利演出呢？