宁静的九州乡间小镇，生活着平凡的少女岩户铃芽（原菜乃华 配音）。这天上学路上，她邂逅了神秘的白衣青年宗像草太（松村北斗 配音）。草太的言行举止引起了铃芽的好奇，她随着这个青年来到了一处废墟，并看到了一扇在水中央突兀伫立的门。懵懵懂懂，铃芽无意间解开了某个古老封印。在此之 后，一场地震突发，而偏偏只有铃芽才能看见地震前发生的诡异现象。随后这个惶恐的女孩才发现，草太原来是有着古老传承的闭门师，他巡游日本各地正是为了阻止更大的灾难发生。
　　从西日本到东日本，追逐灾难的旅途中，铃芽尘封的记忆也渐渐苏醒……

　　2011年にテレビ放送された幾原邦彦監督によるオリジナルアニメ「輪（まわ）るピングドラム」のテレビシリーズ全24話を再構築し、新作パートを追加して前後編で劇場公開する2部作の後編。高倉家の双子の兄弟・冠葉と晶馬が病気の妹・陽毬の命を救うために謎の「ピングドラム」を探す物語を描きつつ、新作パートには子どもの姿の冠葉と晶馬が登場し、プリンセス・オブ・ザ・クリスタルに似た衣装をまとった荻野目桃果や、新キャラクターである謎の赤ちゃんペンギン・プリンチュペンギンと出会う。さらに実写映像などの新たな要素も加わり、テレビシリーズとは異なる視点で物語を描き出す。

　　主人公是在学校没有立足之地，把自己关在家里的中学生·Kokoro，有一天，房间里的镜子突然发光了，Kokoro像被吸入了一样穿过镜子，发现前方有一座像城堡一样的不可思议的建筑物，里面聚集着和Kokoro有着相似遭遇的7个人。城堡里隐藏着秘密的钥匙，找到了那个钥匙的人，什么愿望都能实现。

　　经受住了在贾布罗的保卫战的地球联邦军顺势而为，为了攻占吉翁地球进攻军的根据地敖德萨，展开了大反抗作战。阿姆罗他们乘坐的白色基地为了接收作战前的最后补给向贝尔法斯特航行。
　　在这样的情况下，白色基地被下达了任务。无人岛，通称“不归之岛”的残敌扫荡任务。
　　阿姆罗等人开始搜索残留的间谍，在那里看到的是不可能存在的孩子们和一台扎古。在战斗中失去高达的阿姆罗，遇到了自称是库库鲁斯·多安的男人。
　　揭露了岛上的秘密的阿姆罗能否再次找到高达并平安逃脱…?