漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。
　　刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

　　繁华大都会，有一支辛苦打拼而又名不见经传的摇滚乐队。作为乐队成员的田村永吉（松田龙平 饰）来自位于广岛县濑户内海上的户鼻岛，此时他已经离家整整七年了。前途一片渺茫，加上新近得知女友会泽由佳（前田敦子 饰）怀孕的消息，这个留着莫西干头的小青年终于决定停止乐队活动，回到阔别已久的家中结婚。经过漫长跋涉，永吉总算和由佳踏上了故乡的土地。他的爸爸田村治（柄本明 饰）现担任当地学校交响乐团的指挥，为人十分顽固。忤逆的长子回家，必不可少要爆发一顿争吵。所幸历经艰险，永吉还是熬到了举办婚礼的那一天。偏偏就在喜庆的最高潮，老父亲突然病倒了……
　　不经意间，每个人都要面对生离死别。

石琴子白天是不卖座的模特，晚上是头牌陪酒女。有一天，琴子接到同样在陪酒的店里工作的Boy（男服务生）的邀请，参加联谊活动。在那里琴子对刚认识的模特陆一见钟情。然而，作为目标的陆很快就回去了，结果最后留下的只有元气（人名）。之后喝醉了的琴子和元气做爱了。和明明不喜欢的男孩子做爱以后情绪....

　　病房里的五元硬币：护士吉川亚由美（武井咲 饰）发现，每当小病人麻友呆呆地指着某个房间某个病床时，该病床的病人就会很快死去。壁橱好可怕：心怀美容师梦想的青年干也（中岛健人 饰）在东京租住了一间廉价公寓，然而房间内的壁橱门总会莫名其妙打开。多出一个人的电梯：四名高中女孩去看望骨折住院的好友上崎亚矢奈因（生驹里奈 饰），当她们准备坐电梯离开时，电梯内突然好像又进来一个“人”。诅咒绘马：小岛洋介（バカリズム 饰）意外得到一个会带来厄运的绘马，他试图摆脱却没有办法。夏季通知：不顾父亲反对而闯荡东京的朋子（前田敦子 饰）饱受挫折，偏偏她发现已经去世的父亲（鹿贺丈史 饰）时不时出现在他的身边。引诱池塘：已步入老年的高松（柳叶敏郎 饰）告别子女，打算在度假区多待一天，夜幕降临，他似乎看到去世妻子的鬼魂在召唤着他。

　　改编自TYPE-MOON发行的同名手机游戏：描述在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。

　　尽心辅佐武藤泰山（远藤宪一 饰）登上政坛顶点的首席秘书贝原茂平（高桥一生 饰），当年也有一段刻骨铭心的经历。五年前，内阁总理大臣突然辞职，以国土交通大臣乡田刚（升毅 饰）为代表的数名政客围绕首相宝座展开激烈竞争。贝原时任乡田的秘书，他的父亲曾经也效力乡田麾下，甚至不惜替主人背上罪名死去。在竞选过程中，乡田团队加入了一名美女雪野诗音（相武纱季 饰），对方居然正是贝原学生时代曾深深喜欢的学姐。随着竞选的白热化，针对乡田的攻击日趋激烈，雪野展现出迥异于过去的一面，而乡田也变得越来越让贝原感到陌生和心寒。
　　在人生和政途的岔路口，贝原茂平完成了和武藤泰山的邂逅……

　　历经千辛万苦，好不容易和儿子阿翔（菅田将晖 饰）换回身体的日本第一百位首相武藤泰山（远藤宪一 饰），谁知竟在出国访问的途中再度与阿翔交换了灵魂，与此同时国会中许多议员也突然和某幼儿园的孩子交换了身体，场面打乱。这桩意外让秘书贝原（高桥一生 饰）焦虑不已，他们连忙准备小抄让阿翔背熟。出人意料的是，假冒首相居然在外事活动中表现的极为出色。在日本坐镇的泰山喜出望外，只有跟随在首相身边的贝原觉察出其中的异状，那就是有第三个人夺走了泰山的身体。为了查明真相，泰山在特工豪德寺义经（大仓孝二 饰）和中田薰（门胁麦 饰）的协助下追查制造了这一连串混乱的真凶。
　　真相渐次浮出水面……