草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

　　悍娇虎（凯瑞·华格伦 配音）少女时候跟着师傅（达斯汀·霍夫曼 配音）辛苦练功，却始终无法得到师傅的认可。终于有一天，强敌野猪来袭，打败了一众高手，几乎无人能敌。混血大师被击败后来到翡翠宫找师傅，希望师傅能阻止野猪，于是师傅答应接受挑战。可是就在比武的前几天，师傅因为吃了阿波（杰克·布莱克 配音）做的饭而食物中毒无法应战，无奈之下指派悍娇虎带着卷轴去寻找神奇四侠，一连串的巧合之下，悍娇虎带回了快螳螂等人，自此故事发生了逆转……

　　神龙大侠阿宝（杰克·布莱克 Jack Black 配音）再度归来，要被师父（达斯汀·霍夫曼 Dustin Hoffman 配音）强行进阶修行。系列全新最强反派魅影妖后（维奥拉·戴维斯 Viola Davis 配音）登场，神秘莫测的她可以幻化成每一个阿宝的昔日宿敌。此次阿宝又结识了小真（奥卡菲娜 Awkwafina 配音）等新伙伴，并将一同开启这场冒险旅程。

　　牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった!
　　戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。
　　時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。
　　果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?